Rok 1938 zasáhl i Národní divadlo. To sice ve vnitřním chodu řešilo umělecké provozní záležitosti, svým repertoárem však sounáleželo s pocity národa obávajícího se o svůj osud. Zejména od května 1938 se snažilo podpořit české vlastenectví a víru v překonání všech těžkostí. Bylo vypraveno nové nastudování Smetanovy opery Libuše pod taktovkou Václava Talicha a i další nastudování děl českých autorů (Smetana, Fibich, Janáček, Jirásek, Stroupežnický, Hilbert) měla přispívat k národní odolnosti a nezlomnosti.
„Při Libušině proroctví, sotva zazněla slova […] Můj drahý český národ neskoná a všechny hrůzy slavně překoná – povstali jako by v přísaze všichni na sedadlech v přízemí, balkonech a dali najevo své odhodlání bránit ohroženou vlast.“ Lidové noviny, 26. 9. 1938
Dne 25. prosince 1938 zemřel Karel Čapek. Ztráta jeho osobnosti byla nenahraditelná. Smutným faktem zůstává, že byl Čapek napadán výraznou částí druhorepublikové společnosti. Po abdikaci prezidenta Edvarda Beneše představoval symbol kontinuity s první republikou. Čapek denně dostával desítky zlobných anonymních dopisů a u svého domu nacházel nábojnice. Spisovatelova smrt jako kdyby ukazovala podivnou rozporuplnost druhé republiky. Vdově Olze Scheinpflugové chodily četné kondolence a na oficiálních místech tak panovaly obavy, že se Čapkův pohřeb stane národní manifestací.
Pro vypravení pohřbu byly osloveny obě největší kulturní instituce, avšak Národní muzeum argumentovalo nedostatkem uhlí pro vytopení prostoru a zdráhalo se i Národní divadlo. Je pravděpodobné, že vláda Rudolfa Berana vyvinula na obě instituce určitý nátlak, aby se od pohřbu distancovaly. Ačkoli Národní divadlo hrálo Čapkovy nejúspěšnější hry, nevyvěsilo v den jeho úmrtí ani smuteční prapor.
Na konci ledna 1939 se vláda usnesla, aby v činné státní službě nebyli ponecháni zaměstnanci židovského původu. Obětí politiky propouštění Židů se, i za nedostatečné podpory vedení divadla, stal herec Hugo Haas.
„Přišel za mnou divadelní sluha a odevzdal mi dopis. [...] Četl jsem cosi, že jelikož jsem ve svých dokumentech přiznal svůj židovský původ, je ředitelství divadla nuceno mne propustit ze smlouvy s okamžitou platností.“
Citelným zásahem do chodu Národního divadla byla vynucená ztráta budovy Stavovského divadla. Posledním představením zde na dlouhých šest let byla 1. července 1939 Jiráskova Lucerna.
